La comprensión del genoma de Trypanosoma cruzi, el parásito responsable de la enfermedad de Chagas, dio un nuevo paso con el desarrollo de GCanner, una herramienta bioinformática creada por investigadores del CONICET y de la Universidad Nacional de San Martín (UNSAM). El software permite analizar de manera rápida, precisa y estandarizada la organización genética del microorganismo, un avance que podría contribuir tanto al diseño de nuevos tratamientos como a mejorar las estrategias diagnósticas.

La enfermedad de Chagas afecta a alrededor de 1,3 millones de personas en Argentina y a entre 6 y 7 millones en el mundo, donde provoca cerca de 10.000 muertes cada año. Por eso comprender mejor la biología del parásito es una de las claves para avanzar en herramientas de prevención, diagnóstico y tratamiento.

El desarrollo fue publicado en la revista científica Methods in Molecular Biology y representa un avance para una comunidad científica que, hasta ahora, carecía de un método estandarizado para estudiar determinadas regiones del genoma de Trypanosoma cruzi.

«GCanner funciona como un scanner molecular del genoma de Trypanosoma cruzi, revelando una capa de complejidad nunca antes vista en este patógeno. Estudios como estos nos ayudan a entender las diferencias entre las distintas cepas del parásito y sientan las bases para el desarrollo de estrategias terapéuticas y diagnósticas que nos permitan combatir esta enfermedad», explicó Carlos Buscaglia, investigador del CONICET en el Instituto de Investigaciones Biotecnológicas (IIBIO, CONICET-UNSAM) y uno de los responsables del desarrollo.

Un problema de identificación

El genoma del parásito presenta regiones con funciones muy diferentes. Por un lado, existen zonas denominadas "core", donde se encuentran los genes esenciales para la supervivencia del microorganismo. Por otro, las regiones "disruptivas" concentran numerosos factores de virulencia, es decir, genes involucrados en la capacidad del parásito para infectar las células humanas y evadir las defensas del organismo.

Durante años, identificar esas regiones dependía de procedimientos propios de cada laboratorio, basados en la interpretación manual del genoma una vez secuenciado. Esa falta de criterios comunes dificultaba la comparación de resultados entre distintos grupos de investigación.

«Durante muchos años el desafío más grande de la secuenciación de este genoma radicó en entender cómo se organiza el genoma disruptivo, es decir, los factores de virulencia», señaló Virginia Balouz, investigadora del CONICET y coautora del trabajo.

Según explicó, cada equipo utilizaba metodologías diferentes para clasificar esas regiones, lo que generaba sesgos y reducía la reproducibilidad de los estudios.

Para resolver ese problema, los investigadores diseñaron GCanner, que identifica automáticamente las regiones "core" y "disruptivas" utilizando directamente la secuencia genómica, sin necesidad de realizar una anotación previa del genoma.

De esta manera, el software permite comparar con mayor precisión distintas cepas del parásito y unificar los criterios de análisis entre laboratorios de todo el mundo.

Un recurso clave para la cepa argentina

El desarrollo de GCanner se apoya en otro avance alcanzado por el mismo grupo de investigación. En 2025, los científicos lograron secuenciar el genoma completo de la cepa argentina RA de Trypanosoma cruzi, considerada uno de los principales modelos experimentales para estudiar las formas más graves de la enfermedad.

Ese mapa genético de alta resolución permitió identificar cerca de 17.000 genes compartidos con otros protozoos relacionados y alrededor de 7.000 genes exclusivos de Trypanosoma cruzi vinculados con su capacidad de producir enfermedad.

«Hasta ahora, la comunidad científica disponía de muy pocos genomas de alta calidad que representen las cepas que circulan en nuestra región. Secuenciar con precisión la cepa autóctona RA proporciona una referencia genética confiable que antes no existía», destacó Buscaglia.

Gracias a GCanner, esos genes pueden localizarse con exactitud dentro de la arquitectura del genoma, facilitando investigaciones orientadas a comprender cómo actúa el parásito y qué mecanismos podrían convertirse en blancos para futuros tratamientos.

Un aporte para la investigación

Los investigadores destacan que la principal fortaleza de la herramienta es que permitirá armonizar los estudios realizados en diferentes laboratorios y acelerar la generación de conocimiento sobre uno de los parásitos más complejos desde el punto de vista genético.

«GCanner permite separar un problema grande y difícil de abarcar en pequeños problemas que facilitan su interpretación. De esta manera separamos regiones del genoma por su composición para estudiar el rol de los genes contenidos en cada una», explicó Balouz.

Para los autores, disponer de herramientas capaces de describir con mayor precisión la organización genética de Trypanosoma cruzi constituye un paso importante para comprender mejor la enfermedad y avanzar hacia estrategias diagnósticas y terapéuticas más eficaces para una patología que continúa siendo uno de los principales desafíos de salud pública en América Latina.